CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是研究蛋白质和DNA相互作用的新方法，通过将Protein A/G与Tn5转座酶融合，在目标蛋白特异性抗体的介导下，实现对蛋白结合区域附近DNA的切割和测序文库构建。与传统的ChIP-seq相比，CUT&Tag具有样本量要求低、实验周期短、灵敏度高等优势。

CUT&Tag技术在表观遗传学研究中有着广泛的应用和潜力，主要用于解析转录因子结合位点和组蛋白修饰的全基因组分布，探索染色质的三维结构及其功能。通过分析这些结合位点和修饰，可以揭示基因调控网络、表观遗传机制以及疾病发生的相关机制，为疾病研究和

药物开发提供高效解决方案。

技术路线：

技术优势：

•具有极高灵敏度和低的背景噪音；

•对样本量的要求较低，适合于低细胞量或微量样本；

•操作更加简单，实验周期较短；

•具有极高的分辨率，实验重复性好；

样品类型：冻存细胞样本或冻存组织样本；

样品需求量：

细胞样本：

研究对象为组蛋白修饰时，样本需求量为制成单细胞悬液后活细胞总数≥2×105；

研究对象为转录因子时，样本需求量为制成单细胞悬液后活细胞总数≥4×105；

组织样本：

研究对象为组蛋白修饰时，样本需求量为制成单细胞核悬液后细胞核总数≥2×105；

研究对象为转录因子时，样本需求量为制成单细胞核悬液后细胞核总数≥4×105；

样品质控：

细胞样本：活细胞比例≥70%；

组织样本：细胞核形态完整；

送样建议：

细胞样本：样本需保存在冻存液中，梯度降温后于-80℃保存，建议送样106个细胞；每个离心管用parafilm膜密封，样品需-80℃保存，干冰运输，保证运输途中干冰不会完全融化；

组织样本：离体后PBS漂洗掉血污，去除坏死组织，切至绿豆大小；-80℃保存；足量干冰+安全泡沫盒运输，保证运输途中干冰不会完全融化；单次抽提至多100mg组织(黄豆大小），建议送样200mg（2颗黄豆大小）。

数据分析内容：

1.    原始测序数据预处理；

2.    数据质量过滤；

3.    原始数据整理、过滤及质量评估；

4.    比对到参考基因组及结果评估；

5.    Peak Calling；

6.    Peak motif分析；

7.    差异Peak分析；

8.    差异Peak注释与筛选；

9.    差异Peak可视化展示；

10.   差异Peak相关基因GO富集分析；

11.   差异Peak相关基因KEGG富集分析；

结果展示：

图1  CUT&Tag文库片段分布

图2  Peak 在基因组功能区分布

图3  Reads在TSS附近分布

图4  Peak 相关基因Reads分布

1.CUT&Tag和ATAC-seq有什么区别？

答：ATAC是研究全基因组范围内开放染色质区域的技术，以开放染色质为对象，依赖于染色质的可及性。CUT&Tag是研究全基因组范围内与目的蛋白相互作用的DNA区域的技术，利用抗体引导Tn5转座酶特异靶向组蛋白修饰位点或特定转录因子，揭示与特定蛋白修饰位点或转录因子结合的DNA的位置和序列特征。两个技术的研究目的是不一样的。

2.CUT&Tag和ChIP-seq有什么区别？如何选择？

答：从建库上来看，CUT&Tag要求的细胞起始量远低于ChIP-seq，建库流程简化，操作更简便。从结果上来看，CUT&Tag的数据信噪比更好，实验重复性更好。无论是组织样本还是细胞样本，优先推荐CUT&Tag，相对于ChIP-seq，CUT&Tag检测具有更高的成功率和信噪比。

阳性对照和阴性对照怎么设置？

答：阳性对照选用丰度较高的H3K4me3组蛋白修饰抗体或者CTCF转录因子抗体作为一抗进行建库，证明系统没有问题。阴性对照不加一抗，正常加入二抗和转座酶进行建库，排除体系的非特异性结合。

3.抗体要求是什么？一抗如何选择？

答：一抗推荐使用ChIP级别抗体，客户需提供抗体名称、货号、物种等信息（需评估）；如果客户没有指定抗体，可以提供研究的组蛋白修饰类型或转录因子的名称和物种信息，公司可以查询商品化抗体相关信息。抗体不得稀释，不得反复冻融，建议送原管抗体。公司可提供鼠源和兔源的二抗。已测试一抗总结于下表，该列表会持续更新，可作为白名单，所列抗体可不进行评估直接送审合同。