昊为泰生物多年专注于深耕遗传学和基因组学等领域科研特色技术的开发,不断跟进国际先进的科研成果及技术发展,创新研发了许多特色专利技术和领域内前沿的检测服务项目,受到广大专业科研用户的认可和好评。
昊为泰植物内生菌绝对定量测序服务是在Accu16S®细菌绝对定量测序专利技术基础上,针对更加适合植物内生菌基因组16S rDNA V5-V7区研发出来的技术。通过向样本DNA中添加昊为泰人工合成专利内标序列,构建标准曲线,计算获得微生物群落绝对定量结果。
昊为泰植物内生菌绝对定量测序技术流程图
技术优势:
1、显著减少宿主污染问题:采用更适合植物内生菌检测的16S V5-V7区进行扩增,显著减少了植物宿主基因组DNA对测序结果的影响。
2、绝对定量+相对定量同时获得:引入内标序列,构建标准曲线,通过绝对拷贝数计算提供微生物群落的绝对定量和相对定量数据,使研究者能够全面了解微生物的真实丰度和多样性。
3、提高数据可比性:采用加入人工内标的绝对定量技术,可以确保不同实验批次检测结果的可比性,解决了由实验方法、批次差异等因素引起的技术误差,从而获得更加真实可信的比较结果。
4、技术平台成熟:该方法是在成熟的昊为泰Accu16S®细菌绝对定量测序专利技术平台基础上研发的。Accu16S®细菌绝对定量测序推出的六年多来,检测项目1300多项,发表SCI文章近百篇,这些都为植物内生菌检测打下了坚实的基础。
昊为泰生物的植物内生菌绝对定量测序技术将会在植物生态学、农业生产、土壤健康等研究领域,特别是植物相关微生物与植物宿主生长的相互作用方面具有广泛应用前景,将为推动定量微生物组学研究在植物内生菌检测,以及在植物与微生物互作等研究方面的发展,提供昊为泰专属的特色解决方案。
A、DNA:溶解于水或TE,每个离心管用parafilm膜密封,样品需-20℃保存,冰袋运输,保证运输途中冰袋不会完全融化;
B、根际土壤:样本采集后,用20目的筛子过筛,去除植物根、动物残骸以及其他杂质后分装到无菌离心管里,至多每管2g分装;单次至多抽提0.5g;建议送样2g;每个离心管用parafilm膜密封,样品需-80℃保存,干冰运输,保证运输途中干冰不会完全融化;
C、植物组织:样本采集后,按需进行表面处理,在冰上切成小块(0.5cm3单位(绿豆)大小)后收集到无菌DNase-free级别的离心管中或直接用锡箔纸包装组织样本。若为含有大量液体的样品(如藻类),需离心去液体至多每管2g分装。单次至多抽提0.5g;建议送样2g;每个离心管用parafilm膜密封,样品需-80℃保存,干冰运输,保证运输途中干冰不会完全融化;
D、叶际样本:将5g新鲜采集的,无破损叶片浸泡在一定体积的无菌PBS缓冲液或生理盐水中,使用摇床,超声等必要设备释放叶际微生物;叶际微生物终通过离心或过滤的方式回收。富集的菌体沉淀或滤膜保存在离心管中-80℃保存,干冰运输,保证运输途中干冰不会完全融化;
E、其他样本类型需评估。
该方法可以提供基于常规相对定量扩增子测序和绝对定量测序全部分析结果,以及两种定量测序的联合分析结果。具体包括物种注释统计和进化树分析、群落组成分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析、功能预测分析、环境因子分析等内容。
昊为泰植物内生菌绝对定量测序实验流程图
1、昊为泰植物内生菌基因组针对哪个区段进行的检测?
答:16S rDNA V5-V7区。
2、植物内生菌样本取样时需要消毒吗?
答:需要。通常是对植物组织进行无菌水洗涤30 s,70%无菌乙醇洗涤2 min,2.5% NaClO(含0.1% Tween80)浸泡5 min后转移至70%无菌乙醇浸泡30 s,后使用无菌水洗涤植物组织3次,即视为对植物组织表面进行无菌化。
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